Prise en compte des connaissances du domaine dans l’analyse transcriptomique : Similarité sémantique, classification fonctionnelle et profils flous

return to the website
by Sidahmed Benabderrahmane
Abstract:
L'analyse bioinformatique des données de transcriptomique a pour but d'identifier les gènes qui présentent des variations d'expression entre différentes situations, par exemple entre des échantillons de tissu sain et de tissu malade et de caractériser ces gènes à partir de leurs annotations fonctionnelles. Dans ce travail de thèse, je propose quatre contributions pour la prise en compte des connaissances du domaine dans ces méthodes. Tout d'abord je définis une nouvelle mesure de similarité sémantique et fonctionnelle (IntelliGO) entre les gènes, qui exploite au mieux les annotations fonctionnelles issues de l'ontologie GO ('Gene Ontology'). Je montre ensuite, grâce à une méthodologie d'évaluation rigoureuse, que la mesure IntelliGO est performante pour la classification fonctionnelle des gènes. En troisième contribution je propose une approche différentielle avec affectation floue pour la construction de profils d'expression différentielle (PED). Je définis alors un algorithme d'analyse de recouvrement entre classes fonctionnelles et ensemble des références, ici les PEDs, pour mettre en évidence des gènes ayant à la fois les mêmes variations d'expression et des annotations fonctionnelles similaires. Cette méthode est appliquée à des données expérimentales produites à partir d'échantillons de tissus sains, de tumeur colo-rectale et de lignée cellulaire cancéreuse. Finalement, la mesure de similarité IntelliGO est généralisée à d'autres vocabulaires structurés en graphe acyclique dirigé et enraciné (rDAG) comme l'est l'ontologie GO, avec un exemple d'application concernant la réduction sémantique d'attributs avant la fouille.
Reference:
Prise en compte des connaissances du domaine dans l’analyse transcriptomique : Similarité sémantique, classification fonctionnelle et profils flous (Sidahmed Benabderrahmane), PhD thesis, Université Henri Poincaré - Nancy I, 2011.
Bibtex Entry:
@phdthesis{Benabderrahmane2011,
abstract = {L'analyse bioinformatique des donn\'{e}es de transcriptomique a pour but d'identifier les g\`{e}nes qui pr\'{e}sentent des variations d'expression entre diff\'{e}rentes situations, par exemple entre des \'{e}chantillons de tissu sain et de tissu malade et de caract\'{e}riser ces g\`{e}nes \`{a} partir de leurs annotations fonctionnelles. Dans ce travail de th\`{e}se, je propose quatre contributions pour la prise en compte des connaissances du domaine dans ces m\'{e}thodes. Tout d'abord je d\'{e}finis une nouvelle mesure de similarit\'{e} s\'{e}mantique et fonctionnelle (IntelliGO) entre les g\`{e}nes, qui exploite au mieux les annotations fonctionnelles issues de l'ontologie GO ('Gene Ontology'). Je montre ensuite, gr\^{a}ce \`{a} une m\'{e}thodologie d'\'{e}valuation rigoureuse, que la mesure IntelliGO est performante pour la classification fonctionnelle des g\`{e}nes. En troisi\`{e}me contribution je propose une approche diff\'{e}rentielle avec affectation floue pour la construction de profils d'expression diff\'{e}rentielle (PED). Je d\'{e}finis alors un algorithme d'analyse de recouvrement entre classes fonctionnelles et ensemble des r\'{e}f\'{e}rences, ici les PEDs, pour mettre en \'{e}vidence des g\`{e}nes ayant \`{a} la fois les m\^{e}mes variations d'expression et des annotations fonctionnelles similaires. Cette m\'{e}thode est appliqu\'{e}e \`{a} des donn\'{e}es exp\'{e}rimentales produites \`{a} partir d'\'{e}chantillons de tissus sains, de tumeur colo-rectale et de lign\'{e}e cellulaire canc\'{e}reuse. Finalement, la mesure de similarit\'{e} IntelliGO est g\'{e}n\'{e}ralis\'{e}e \`{a} d'autres vocabulaires structur\'{e}s en graphe acyclique dirig\'{e} et enracin\'{e} (rDAG) comme l'est l'ontologie GO, avec un exemple d'application concernant la r\'{e}duction s\'{e}mantique d'attributs avant la fouille.},
annote = {
        From Duplicate 2 ( 
        
        
          Prise en compte des connaissances du domaine dans l ’ analyse transcriptomique : Similarit\'{e} s\'{e}mantique , classification fonctionnelle et profils flous .
        
        
         - Benabderrahmane, Sidahmed )

        
        

        

        

      },
author = {Benabderrahmane, Sidahmed},
booktitle = {Recherche},
keywords = {SML-LIB-BIBLIO,lang:FR},
mendeley-tags = {SML-LIB-BIBLIO,lang:FR},
school = {Universit\'{e} Henri Poincar\'{e} - Nancy I},
title = {{Prise en compte des connaissances du domaine dans l’analyse transcriptomique : Similarit\'{e} s\'{e}mantique, classification fonctionnelle et profils flous}},
year = {2011}
}
Powered by bibtexbrowser